Ο Γιάννης Βαληνάκης γεννήθηκε στην Αθήνα το 1955. Κατάγεται από την Κάλυμνο και τη Χάλκη.Σπούδασε νομικά στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και πολιτική επιστήμη στο Πανεπιστήμιο της Χαϊδελβέργης.

Ολοκλήρωσε τρία μεταπτυχιακά προγράμματα στη διεθνή πολιτική, στην αμυντική πολιτική και στην ιστορία των διεθνών σχέσεων, στο Πανεπιστήμιο της Σορβόννης (Παρίσι Ι), όπου και αναγορεύθηκε διδάκτορας το 1981.

Το 1992 εκλέχτηκε Καθηγητής Διεθνών Σχέσεων στο Πανεπιστήμιο Αθηνών.

Το 1995 τιμήθηκε από την Ευρ. Επιτροπή με την «Έδρα Jean Monnet στην Ευρωπαϊκή Πολιτική και Διπλωματία».

Εργάστηκε ως ερευνητής στην Ελλάδα, τη Νέα Υόρκη, τις Βρυξέλλες και το Παρίσι. Έχει γράψει δεκάδες βιβλία και επιστημονικά άρθρα που δημοσιεύθηκαν στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.

Διετέλεσε Γενικός Διευθυντής στο Ελληνικό Ίδρυμα Ευρωπαϊκής και Εξωτερικής Πολιτικής (ΕΛΙΑΜΕΠ), πρωτοστατώντας, εκτός των άλλων, στην καθιέρωση των Διεθνών Σεμιναρίων της Χάλκης, στα οποία εκπαιδεύτηκαν εκατοντάδες νέοι επιστήμονες και πολιτικοί της Ευρώπης.

Τον Οκτώβριο του 1998, ανέλαβε την θέση του Γραμματέα Διεθνών Σχέσεων και Ευρωπαϊκής Ένωσης της Νέας Δημοκρατίας, εκπροσωπώντας, παράλληλα το κόμμα στο Πολιτικό Γραφείο του Ευρωπαϊκού Λαϊκού Κόμματος (EPP).

Από τον Μάϊο του 2003 μέχρι και τον Μάρτιο του 2004 διετέλεσε εξωκοινοβουλευτικός εκπρόσωπος της Ν.Δ. στο Εθνικό Συμβούλιο Εξωτερικής Πολιτικής. Τον Ιανουάριο του 2004 διορίστηκε μέλος της Επιτροπής Εκλογικού Αγώνα της Νέας Δημοκρατίας για τις εκλογές του ίδιου έτους. Από το 2005 είναι μέλος της εκδοτικής επιτροπής της πολιτικής περιοδικής έκδοσης «European View» που εκδίδει το Ευρωπαϊκό Λαϊκό Κόμμα.

Στις 7 Μαρτίου 2004 εξελέγη Βουλευτής Επικρατείας με το ψηφοδέλτιο της Νέας Δημοκρατίας και στις 10 Μαρτίου ανέλαβε τα καθήκοντα του Υφυπουργού Εξωτερικών για τα Ευρωπαϊκά Θέματα.

Τον Ιούλιο του 2007 τιμήθηκε για την ίδρυση του Γενικού Προξενείου της Ελλάδας στην Τάμπα (Φλόριντα) των Η.Π.Α. και ανακηρύχθηκε επίτιμος Πρόεδρος του Συλλόγου Καλυμνίων της Φλόριντα.

Στις 16 Σεπτεμβρίου 2007 εκλέχτηκε Βουλευτής Δωδεκανήσου και από τις 17 Σεπτεμβρίου συνεχίζει να υπηρετεί τα εθνικά συμφέροντα ως Υφυπουργός Εξωτερικών για τα Ευρωπαϊκά Θέματα.

Το Ιανουάριο του 2008 εξελέγη μέλος στο Διοικητικό Συμβούλιο του Ερευνητικού Κέντρου του Ευρωπαϊκού Λαϊκού Κόμματος.

Ομιλεί άριστα αγγλικά, γαλλικά, γερμανικά. Xειρίζεται την ισπανική, την ιταλική και την ρωσική γλώσσα.

Είναι παντρεμένος με την δικηγόρο Χριστίνα Χαρατσάρη και έχει μια κόρη.